Su primer equipo fue el Puente Castro, un club de barrio de León. Destacó como defensa central. Siendo aún adolescente fichó por los juveniles del Logroñés, donde permaneció 5 años. Aquí conoció a su futura esposa. No llegó a debutar con el primer equipo.

En 1996 fichó por la Cultural Leonesa, en Segunda División B. Tras un breve paso por el Aurrerá de Vitoria, en la 97-98 jugó con el Numancia en Segunda. Su debut fue en el estadio Rico Pérez contra el Hércules, partido que ganaron 0-1. La temporada siguiente jugó con el Almería y la siguiente con el Cartagonova (actual Cartagena), ambos en Segunda B.

Volvió a la Cultural, donde estuvo un espacio de 3 años. En el verano de 2003 el Hércules hace oficial su contratación, a recomendación de Eduardo Rodríguez. Su debut con la camiseta blanquiazul fue ganando 0-1 al Mataró. Su primer gol supuso la victoria 1-2 contra el Nàstic de Tarragona.

El objetivo entonces del equipo herculano era ascender a Segunda B, algo que lograron en la siguiente temporada con Sergio Fernández de titular en el centro de la defensa. Era el primer ascenso de la carrera de Sergio, que en sus anteriores equipos se había quedado varias veces a las puertas.

Durante esta época se casó y tuvo a sus 2 hijos: Claudia y Mario.

En Segunda División, Sergio Fernández siguió siendo central titular en el Hércules durante las siguientes temporadas. Su primer partido en la categoría de plata con el Hércules fue en la primera jornada empatando 1-1 contra el Malága B. Su primer gol en esta división fue en la victoria 2-1 ante el Lérida.

Se convirtió en un jugador muy querido por la afición. Desde 2006 fue capitán del Hércules, aunque en 2008 decidió renunciar a la capitanía.

Durante el año 08-09 tuvo tensas negociaciones con el club por su renovación. Paralelamente, el equipo marchó mejor que nunca y rozó el ascenso a Primera División. Sin embargo, al final de la temporada Sergio anunció su marcha por discrepancia con la directiva, luego de 6 años en el Hércules.

Su última temporada en activo fue la 09-10 en el Murcia. Al término de la misma se quedó como director deportivo del equipo pimentonero. Consigue devolver al equipo a Segunda, pero tras terminar la liga el Hércules vuelve a tocar a su puerta.

En el verano de 2011, alegando razones sentimentales hacia el Hércules, decide renunciar a su puesto en el Murcia para hacerse cargo de la dirección deportiva del conjunto blanquiazul, entonces dirigido por una nueva directiva comandada por Perfecto Palacio.

Sin embargo, a mitad de la temporada Enrique Ortiz, Botella y Parodi apartan a la nueva directiva. Las malas relaciones con Sergio Fernández vuelven a producirse y se intensifican más aún a raíz de que en el verano de 2012 le imponen el fichaje de Javier Portillo.

Sergio Fernández se niega a irse y se aferra a las 2 temporadas que le quedan de contrato, por lo que la nueva directiva decide apartarle de todas sus funciones. Tras meses sin poder ejercer su puesto, en marzo de 2013 es definitivamente despedido.

En diciembre de ese mismo año se une al equipo técnico de Juan Carlos Garrido y se convierte en el nuevo segundo entrenador del Betis. Tras la destitución de Garrido volvió a su León natal y ejerció de asesor externo de la Cultural Leonesa.

En la 2015-16 trabajó en la secretaría técnica del Eibar (entonces en Primera División). Tras subir el Alavés a la máxima categoría es contratado por el club vitoriano como director deportivo.

TRAYECTORIA COMO JUGADOR

Partidos jugados (goles)

TRAYECTORIA COMO ENTRENADOR-DIRECTOR DEPORTIVO

FUENTE:

-  Wikipedia