El Acuario fue abierto en 1996. Sin embargo, en agosto de 2015 se cerró tras la muerte de los 130 peces que habitaban en él. Según la empresa subcontratada encargada, se debió a un falló de los tres motores de refigeración, provocado por el calor.

Tras permanecer casi dos años cerrado, fue de nuevo inaugurado este 20 de abril de 2017. Se incluyeron más de 200 peces marinos, de unas 50 especies diferentes. También se mejoró y perfeccionó el sistema de refigeración.

Acudieron a la apertura el alcalde Gabriel Echávarri (PSOE) y otras personalidades del Ayuntamiento.