Plantilla del Hércules (1999-2000)
| José Francisco Belmán González | Portero |
| Toño Rodríguez Martínez | Portero |
| Miguel Ángel España Rosado | Portero |
| Carlos Alberto Castro Caputo | Lateral derecho |
| David López de la Mota Simón | Lateral derecho |
| Agustín Vara Sánchez | Lateral derecho |
| Pedrag Stanković | Lateral izquierdo y defensa central |
| Vicente Verdejo Coloma | Lateral izquierdo |
| Francisco Javier Espejo Ropero | Defensa central |
| Juanmi Gelabert Margüello | Defensa central |
| Juan Manuel Barbero Sánchez | Defensa central |
| Gonzalo Bonastre Fuster | Defensa central |
| José Luis Baroja Galán | Defensa central |
| Francisco Javier Montava Rico | Mediocentro |
| Manuel Martínez Lara | Mediocentro |
| Eusebio Aguirre Urdiales | Mediocentro |
| Josip Višnjić | Mediocentro |
| Eduardo Balón Pedreño 'Edi' | Interior izquierdo |
| Joseba Arregi Magariño | Interior izquierdo |
| José Antonio Palomino Ortiz | Mediapunta |
| Ignacio Conte Crespo | Mediapunta |
| David Gallego Rodríguez | Mediapunta y extremo derecho |
| Fernando Béjar Durá | Mediapunta y extremo izquierdo |
| José Ignacio Camacho Pavón | Mediapunta y extremo derecho |
| Javier Verdejo Rocamora | Delantero y extremo derecho |
| Crescencio Cuéllar Tainta | Delantero |
| David Izquierdo Gómez | Delantero |
| Milan Osterc | Delantero |
Entrenadores: Manolo Jiménez
Resumen de temporada:
Manolo Jiménez acepta el reto de conseguir otro ascenso como el del 96, pero esta vez a Segunda. El equipo pierde a gran parte de su equipo respecto a la anterior temporada y tiene que construir una nueva plantilla.
Tras una temporada caótica en la que se sucedieron tres presidentes y se acabó descendiendo, Enrique Ortiz se convierte en el máximo accionista y José Enrique Carratalá es nuevo presidente. Aún así, no hay garantías reales de que el equipo pueda sobrevivir a sus deudas si no se asciende.
El Hércules empieza fuerte y es líder durante casi toda la primera vuelta. La segunda parte del campeonato es algo peor y el equipo no es capaz de certificar la promoción hasta la última jornada, en la que logran como cuartos ganando 3-0 al Terrasa.
En la liguilla de promoción se enfrentan a Zaragoza B, Xerez y Universidad de Las Palmas. Los herculanos solo logran ganar un partido a los maños y acaban quedando últimos.
Respecto a la Copa, el conjunto blanquiazul es eliminado en primera ronda por el Racing de Santander.
Tras el fin de la temporada, las semanas fueron haciéndose más y más tensas. Se viven intensas negociaciones con los jugadores. Finalmente éstos perdonan un 40% de lo que se les debe, evitando así la desaparición del club. El Hércules salvó así in extremis sus entonces 86 años de historia (oficialmente 76).
PARTIDOS OFICIALES (46):
- Hércules 4 - Onteniente 1 (Jornada 1 de Segunda División B)
- Premià 0 - Hércules 2 (Jornada 2 de Segunda División B)
- Mallorca B 1 - Hércules 2 (Jornada 3 de Segunda División B)
- Hércules 0 - Cartagena 0 (Jornada 4 de Segunda División B)
- Lorca 3 - Hércules 2 (Jornada 5 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Gandía 0 (Jornada 6 de Segunda División B)
- Valencia Mestalla 0 - Hércules 2 (Jornada 7 de Segunda División B)
- Hércules 2 - Sabadell 2 (Jornada 8 de Segunda División B)
- Figueras 2 - Hércules 2 (Jornada 9 de Segunda División B)
- Hércules 0 - Nástic 0 (Jornada 10 de Segunda División B)
- Hospitalet 0 - Hércules 1 (Jornada 11 de Segunda División B)
- Hércules 3 - Novelda 0 (Jornada 12 de Segunda División B)
- Hércules 0 - Racing 0 (Ida de 1/32 de la Copa del Rey)
- Murcia 1 - Hércules 1 (Jornada 13 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Yeclano 0 (Jornada 14 de Segunda División B)
- Castellón 1 - Hércules 0 (Jornada 15 de Segunda División B)
- Racing 3 - Hércules 0 (Vuelta de 1/32 de la Copa del Rey)
- Hércules 2 - Alzira 0 (Jornada 16 de Segunda División B)
- Barcelona B 3 - Hércules 3 (Jornada 17 de Segunda División B)
- Hércules 0 - Gramalet 0 (Jornada 18 de Segunda División B)
- Tarrasa 1 - Hércules 1 (Jornada 19 de Segunda División B)
- Onteniente 0 - Hércules 1 (Jornada 20 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Premiá 1 (Jornada 21 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Mallorca B 2 (Jornada 22 de Segunda División B)
- Cartagena 0 - Hércules 1 (Jornada 23 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Lorca 0 (Jornada 24 de Segunda División B)
- Gandía 1 - Hércules 1 (Jornada 25 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Valencia Mestalla 1 (Jornada 26 de Segunda División B)
- Sabadell 0 - Hércules 0 (Jornada 27 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Figueras 0 (Jornada 28 de Segunda División B)
- Nástic 1 - Hércules 2 (Jornada 29 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Hospitalet 1 (Jornada 30 de Segunda División B)
- Novelda 2 - Hércules 1 (Jornada 31 de Segunda División B)
- Hércules 0 - Murcia 3 (Jornada 32 de Segunda División B)
- Yeclano 1 - Hércules 2 (Jornada 33 de Segunda División B)
- Hércules 1 - Castellón 2 (Jornada 34 de Segunda División B)
- Alzira 1 - Hércules 0 (Jornada 35 de Segunda División B)
- Hércules 2 - Barcelona B 1 (Jornada 36 de Segunda División B)
- Gramanet 3 - Hércules 0 (Jornada 37 de Segunda División B)
- Hércules 3 - Tarrasa 0 (Jornada 38 de Segunda División B)
- Xerez 2 - Hércules 1 (Jornada 1 de la promoción de ascenso a Segunda División)
- Hércules 3 - Zaragoza B 0 (Jornada 2 de la promoción de ascenso a Segunda División)
- Zaragoza B 1 - Hércules 0 (Jornada 3 de la promoción de ascenso a Segunda División)
- Hércules 1 - Xerez 3 (Jornada 4 de la promoción de ascenso a Segunda División)
- Universidad Las Palmas 1 - Hércules 1 (Jornada 5 de la promoción de ascenso a Segunda División)
- Hércules 1 - Universidad Las Palmas 1 (Jornada 6 de la promoción de ascenso a Segunda División)