Plantilla del Hércules (2012-13)
| P. J. | Goles | ||
| Ismael Gómez Falcón | Portero | 37 | (43) |
| Juan Carlos Martín Corral | Portero | 6 | (12) |
| Sergio Moya Romero | Portero | ||
| Juanra Cabrero Obrero | Lateral derecho | 14 | |
| Anaitz Arbilla Zabala | Lateral derecho y defensa central | 16 | |
| Marc Sirera Miramón | Lateral derecho | 1 | |
| David Cortés Caballero | Lateral derecho | 19 | |
| Pere Martínez Sastre | Lateral derecho | 11 | |
| Francisco Peña Romero | Lateral izquierdo | 37 | 1 |
| Pepe Sellés Más | Lateral izquierdo | 4 | |
| Álejandro José Muñoz Miquel | Lateral izquierdo | 1 | |
| José Francisco Mora Altava | Defensa central | 18 | |
| Leandro Daniel Cabrera Sasia | Defensa central | 40 | 1 |
| Jordi César López Delgado | Defensa central | 5 | |
| Noé Elías Pamarot | Defensa central | 19 | 1 |
| Alberto Escassi Oliva | Mediocentro | 27 | 1 |
| Eduardo Bedia Peláez | Mediocentro | 34 | 5 |
| Diego Rivas Gutiérrez | Mediocentro | 27 | |
| Mario Ángel Paglialunga | Mediocentro | 18 | 1 |
| Mario Alberto Rosas Montero | Mediocentro | 19 | 1 |
| Pablo Redondo Martínez | Centrocampista | 20 | |
| Guillermo Smitarello Pedernera | Centrocampista | 2 | |
| Álvaro Clausí Marín | Centrocampista | 4 | |
| Brian Pallarés Blasco | Extremo izquierdo | 1 | |
| Adrián Sardinero Corpa | Extremo | 40 | 2 |
| Daniel García Rodríguez 'Toti' | Extremo izquierdo | 20 | |
| Gilvan Gomes Vieira | Extremo izquierdo | 14 | 2 |
| Jeffrey Nana Darko Sarpong | Extremo izquierdo | 14 | 1 |
| Juan Miguel Callejón Bueno | Extremo derecho | 12 | |
| Fran Mérida Pérez | Extremo derecho | 19 | 1 |
| Borja Martínez Giner | Extremo derecho | 6 | |
| Francisco Javier Peral Perianes 'Javito' | Extremo | 12 | |
| Nacho María González Gatti | Mediapunta | 12 | 1 |
| Eldin Hadžić Osmanović | Mediapunta y extremo | 11 | 2 |
| Javier García Portillo | Delantero | 41 | 17 |
| Braulio Nóbrega Rodríguez | Delantero | 14 | 5 |
| Raúl González Robles | Delantero | 5 | |
Entrenadores: Juan Carlos Mandiá (11 partidos) y Quique Hernández (32 partidos)
Resumen de temporada:
La temporada empezó ya entre gran polémica, pues la directiva decidió marginar de la toma de decisiones al director deportivo Sergio Fernández y fichar de nuevo al delantero Javier Portillo, pareja sentimental de la hija del máximo accionista Enrique Ortiz.
La liga no pudo comenzar de forma más desastrosa. El Hércules ganó tan solo uno de los primeros ocho partidos. El supuesto fichaje estrella de la temporada, Fran Mérida, realizó muy pobres actuaciones y Mandiá fue destituido como entrenador.
El descenso se daba por hecho, pero el equipo comenzó a remontar en la segunda vuelta de la mano del nuevo entrenador Quique Hernández, quien firmaba ya su tercera etapa como técnico herculano. La llegada en invierno de jugadores como Pamarot, Cortés o Paglialunga impulsó a lograr una casi milagrosa salvación, apenas pocos meses después de que el descenso se diera prácticamente por hecho.
En la Copa, el Hércules cayó en primera ronda a manos del Sabadell.
PARTIDOS OFICIALES (43):
| Lugo 1 - Hércules 0 | 18-8-12 |
Jornada 1 Segunda División |
| Hércules 1 - Elche 2 | 26-8-12 |
Jornada 2 Segunda División |
| Alcorcón 1 - Hércules 0 | 2-9-12 |
Jornada 3 Segunda División |
| Hércules 2 - Gerona 1 | 8-9-12 |
Jornada 4 Segunda División |
| Sabadell 2 - Hércules 0 | 11-9-12 |
1/64 Copa del Rey |
| Villarreal 1 - Hércules 0 | 16-9-12 |
Jornada 5 Segunda División |
| Hércules 0 - Barcelona B 3 | 22-9-12 |
Jornada 6 Segunda División |
| Almería 0 - Hércules 0 | 30-9-12 |
Jornada 7 Segunda División |
| Hércules 2 - Real Madrid Castilla 4 | 8-10-12 |
Jornada 8 Segunda División |
| Sabadell 1 - Hércules 2 | 14-10-12 |
Jornada 9 Segunda División |
| Hércules 0 - Guadalajara 0 | 20-10-12 |
Jornada 10 Segunda División |
| Ponferradina 1 - Hércules 0 | 28-10-12 |
Jornada 11 Segunda División |
| Hércules 1 - Xerez 5 | 4-11-12 |
Jornada 12 Segunda División |
| Hércules 0 - Las Palmas 2 | 11-11-12 |
Jornada 13 Segunda División |
| Córdoba 1 - Hércules 2 | 18-11-12 |
Jornada 14 Segunda División |
| Hércules 1 - Sporting 1 | 24-11-12 |
Jornada 15 Segunda División |
| Huesca 1 - Hércules 1 | 2-12-12 |
Jornada 16 Segunda División |
| Hércules 1 - Recreativo 1 | 9-12-12 |
Jornada 17 Segunda División |
| Mirandés 3 - Hércules 2 | 16-12-12 |
Jornada 18 Segunda División |
| Hércules 1 - Numancia 3 | 22-12-12 |
Jornada 19 Segunda División |
| Murcia 2 - Hércules 1 | 6-1-13 |
Jornada 20 Segunda División |
| Hércules 2 - Racing 0 | 13-1-13 |
Jornada 21 Segunda División |
| Hércules 3 - Lugo 0 | 20-1-13 |
Jornada 22 Segunda División |
| Elche 2 - Hércules 0 | 26-1-13 |
Jornada 23 Segunda División |
| Hércules 3 - Alcorcón 0 | 2-2-13 |
Jornada 24 Segunda División |
| Gerona 1 - Hércules 1 | 9-2-13 |
Jornada 25 Segunda División |
| Hércules 1 - Villarreal 1 | 17-2-13 |
Jornada 26 Segunda División |
| Barcelona B 1 - Hércules 0 | 23-2-13 |
Jornada 27 Segunda División |
| Hércules 0 - Almería 2 | 3-3-13 |
Jornada 28 Segunda División |
| Real Madrid Castilla 1 - Hércules 1 | 11-3-13 |
Jornada 29 Segunda División |
| Hércules 3 - Sabadell 1 | 17-3-13 |
Jornada 30 Segunda División |
| Guadalajara 0 - Hércules 2 | 24-3-13 |
Jornada 31 Segunda División |
| Hércules 1 - Ponferradina 1 | 31-3-13 |
Jornada 32 Segunda División |
| Xerez 0 - Hércules 0 | 7-4-13 |
Jornada 33 Segunda División |
| Las Palmas 0 - Hércules 0 | 13-4-13 |
Jornada 34 Segunda División |
| Hércules 1 - Córdoba 0 | 21-4-13 |
Jornada 35 Segunda División |
| Sporting 0 - Hércules 1 | 27-4-13 |
Jornada 36 Segunda División |
| Hércules 2 - Huesca 1 | 5-5-13 |
Jornada 37 Segunda División |
| Recreativo 0 - Hércules 2 | 13-5-13 |
Jornada 38 Segunda División |
| Hércules 1 - Mirandés 0 | 19-5-13 |
Jornada 39 Segunda División |
| Numancia 3 - Hércules 2 | 26-5-13 |
Jornada 40 Segunda División |
| Hércules 0 - Murcia 2 | 2-6-13 |
Jornada 41 Segunda División |
| Racing 3 - Hércules 0 | 8-6-13 |
Jornada 42 Segunda División |
CLASIFICACIÓN SEGUNDA DIVISIÓN:
| 1. | Elche | 82 | Ascenso |
| 2. | Villarreal | 77 | Ascenso |
| 3. | Almería | 74 | Playoffs de ascenso |
| 4. | Gerona | 71 | Playoffs de ascenso |
| 5. | Alcorcón | 69 | Playoffs de ascenso |
| 6. | Las Palmas | 66 | Playoffs de ascenso |
| 7. | Ponferradina | 66 | |
| 8. | Real Madrid Castilla | 59 | |
| 9. | Barcelona B | 57 | |
| 10. | Sporting | 56 | |
| 11. | Lugo | 56 | |
| 12. | Numancia | 55 | |
| 13. | Recreativo | 54 | |
| 14. | Córdoba | 54 | |
| 15. | Mirandés | 52 | |
| 16. | Sabadell | 52 | |
| 17. | HÉRCULES | 50 | |
| 18. | Guadalajara | 50 | |
| 19. | Murcia | 47 | * |
| 20. | Racing | 46 | Descenso |
| 21. | Huesca | 45 | Descenso |
| 22. | Xerez | 30 | Descenso |
*En principio el Murcia debería haber descendido pero se salvó gracias al descenso administrativo del Guadalajara.